外商投资项目经政府投资主管部门核准项目和经工商部门核准企业名称，或部分非生产性外商投资项目经工商部门核准企业名称后，将合同、章程等有关资料文件，按照审批权限报商务部门审批。
一、报批《项目申请报告》
外商投资项目在《国务院关于投资体制改革的决定》中被确立为需政府核准的投资项目。中外投资者在向政府部门提出设立外商投资企业申请之前，需按照国家规定的审批权限和程序向政府投资主管部门报送《项目申请报告》(或可行性研究报告)，申请对项目进行核准。
部分非生产性外商投资项目可按国家规定将《项目申请报告》(或可行性研究报告)和其它有关设立外商投资企业的材料直接报省级商务主管部门或由省级商务主管部门转报国家商务部审批。
二、名称核准登记
《项目申请报告》(或可行性研究报告)经批准后，项目单位向工商部门申请对拟设立的企业核准名称。
三、报批企业合同、章程，领取批准证书
外商投资项目经政府投资主管部门核准项目和经工商部门核准企业名称，或部分非生产性外商投资项目经工商部门核准企业名称后，将合同、章程等有关资料文件，按照审批权限报商务部门审批。
领取批准证书前，应持商务部门正式批准文件到质量技术监督局代码中心领取《企业组织机构赋码通知单》。
四、申请工商注册登记
在领取批准证书后30日内到工商部门领取营业执照。
注：《公司法》规定，公司自批准设立之日起90日内，进行设立登记。“三资法”规定自领到批准证书之日起30日内进行登记。根据特别法优于普通法的原则，应适用“三资法”的规定。
五、申请财政、税务、外汇、海关登记
在领营业执照后30日内，应到财政、税务、外汇、海关等部门办理登记手续。到质量技术监督局代码中心领取企业组织机构代码证书，开立银行帐户。
设立外商独资企业，外国投资者应填制外资企业设立申请表，编制可行性研究报告，连同企业章程及有关文件直接报商务部门审批。其它程序与上述相同。
对违反上述规定审批的外商投资项目，上级审批机关应当自收到该项目的备案文件之日起30天内予以撤销，其合同、章程无效、企业登记机关不予注册登记或者注销登记，海关不予办理进口手续。
《行政许可法》第31条中规定：“申请人申请行政许可，应当如实向行政机关提交有关材料和反映真实情况，并对其申请材料实质内容的真实性负责。”外商投资项目当事人以欺骗等不正当手段，骗取项目建议的批准的，根据情节轻重，依法追究法律责任;审批机关应当撤销对项目的批准，并由有关主管机关依法作出相应的处理。《关于进一步加强外商投资企业审批和登记管理有关问题的通知》第12条规定“审批机关和登记机关发现中外投资者或外商投资企业严重违反国家法律、法规的行为，尤其是利用各种形式搞假合资，一经查实，应立即责令其限期加以改正;逾期不改正的，原审批机关和原登记机关有权收缴其外商投资企业批准证书，吊销其营业执照，并按有关法律、法规予以处罚。”
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