电子商务如果有增值税交易，应该缴纳增值税.小规模纳税人负担百分之四，一般纳税人负担百分之十七，但是可以抵扣进项税。
1、电子商务只要有业务收入就要缴纳税款的。
2、个人卖家应当承担的主要纳税义务包括增值税和个人所得税，而企业卖家则需缴纳增值税和企业所得税。
3、对于已达到建设标准(即《个体工商户建账管理暂行办法》规定的设置账簿标准)的个人卖家。
税务部门按照《个体工商户个人所得税计税办法》查账征税，适用5%-35%的超额累进税率.至于那些达不到建账标准的个人卖家，相关部门则定期定额征收个税。目前，全国各地核定应纳税额的标准不同。
4、与个人卖家类似，企业卖家参照《企业所得税法》缴纳企业所得税。通常，该税种的税率为25%。
而就增值税而言，不管个人卖家还是企业卖家，按照国税总局2014年第57号公告的规定，增值税小规模纳税人和营业税纳税人，月销售额或营业额不超过3万元(含3万元)的，免征增值税或营业税。
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